К примеру, в перечне проиндексированных Яндексом страниц достаточно большого форума Mazda Xedos 6 до недавних пор содержалось всего лишь порядка 15% страниц третьего уровня вложенности и 70% — второго. Это — совершенно типичная ситуация для больших динамических сайтов на движке phpBB. Индексируется всякая фигня в бааальшом количестве, а то,  что нужно нам — через пень-колоду. Как я уже писал, я применяю невстроенные в движок форума средства генерации ЧПУ, видимо,  это просто артефакты.

В качестве средства для повышения качества индексации, был разработан аддон к phpBB SEO Mod, позволяющий корректно создавать карту сайта в формате файла в формате XML, сжатого gzip и одновремено пингующий специальный сервис Google.

Результат работы скрипта можно посмотреть вот тут — http://forum.xedos6.ru/sitemap.xml

Данный плагин находится в состоянии alpha и пока не предназначен для установки, т.к. написан весьма коряво. Но если есть желающие посодействовать (умственно) в развитии, я буду очень признателен. Окончательную версию само собой выложим для скачивания

Далее, повторюсь. Крайне желательно после создания зарегистрироваться в сервисах Яндекс.Вебмастер и Инструменты Google для вебмастеров и добавить в них свои сайты, в том числе ссылки на sitemap.

Вторым (параллельным) вариантом является указание пауку поискового робота места расположения карты сайта в файле robots.txt

User-agent: *
Host: yourhost.ru
Sitemap: http://yourhost.ru/sitemap.xml

Все крупнейшие поисковики обрабатывают robots.txt и соответственно со временем увидят и проиндексируют Вашу карту сайта (и соответственно, скорее всего добавят в индекс новые страницы), но ручное добавление sitemap завсегда быстрее

В течение нескольких недель выдача поисковиков должна проапдейтиться и порадовать Вас бОльшим числом страниц сайта, добавленных в индекс.